| 1960s |
| 1964 |
電子物理系成立－隸屬電子研究所 |
| 1967 |
電子研究所改制為工學院：電子物理系隸屬工學院 |
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| 1970s |
| 1972 |
應用數學系成立－隸屬工學院 |
| 1977 |
應用數學所成立碩士班－隸屬工學院 |
| 1979 |
- 交通大學恢復為大學，理學院成立
- 電子物理系轉入理學院－學士班學生仍授予工學士學位
- 應用數學系轉入理學院（由博愛校區遷入光復校區管理一館）
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| 1980 |
- 光電工程研究所成立－隸屬電子物理系
- 資訊科學系成立
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| 1980s |
| 1982 |
應用化學研究所成立（新生館） |
| 1983 |
- 科學一館落成啟用
- 電子物理系（含光電工程研究所）遷入科學一館
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| 1984 |
應用數學系所合一，遷入科學一館，成立應用數學博士班 |
| 1988 |
光電工程研究所為獨立所 |
| 1990 |
應用化學系成立 |
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| 1990s |
| 1992 |
- 統計學研究所成立（科學一館）
- 應用化學系成立博士班
- 科學二館落成啟用；理學院、應用化學系所遷入科學二館
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| 1993 |
物理研究所成立碩士班 |
| 1994 |
生物科技研究所成立 |
| 1995 |
- 光電工程研究所轉歸電機資訊學院
- 資訊科學系轉歸電機資訊學院
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| 1996 |
- 統計學研究所遷入綜合一館
- 物理研究所自博愛校區遷入光復校區計網中心三樓
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| 1997 |
統計學研究所成立博士班 |
| 1998 |
生物科技研究所成立博士班 |
| 1999 |
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| 2000s |
| 2001 |
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| 2002 |
生物資訊研究所成立 |
| 2004 |
- 分子科學研究所成立
- 生物科技學院成立;生物科技系所、生化工程研究所、生物資訊研究所轉歸生物科技學院
- 電子物理系遷入工程六館
- 理學院設置傑出研究院長獎
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| 2006 |
理學院科學學士學位學程班（簡稱科學學士班）成立 |
| 2007 |
- 數學建模與科學計算碩士班成立
- 理學院傑出研究院長獎更名理學院年輕學者研究獎
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| 2009 |
- 科學計算與數學建模中心成立
- 田家炳光電中心大樓落成啟用
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| 2010s |
| 2011 |
基礎科學教學研究大樓（簡稱科學三館）落成啟用 |
| 2012 |
- 丘成桐中心成立（科學一館）
- 理學院、電子物理系、物理研究所、碩士在職專班、科學學士班遷入科學三館
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| 2016 |
科學計算與數學建模中心完成階段性任務，中心業務結束 |
| 2017 |
理學院年輕學者研究獎更名理學院創新教學獎及年輕學者研究獎 |
| 2018 |
分子科學研究中心完成階段性任務，中心業務結束 |
| 2019 |
基礎科學教學研究大樓更名科學三館 |
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| 2020s |
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